Litauen muss sich in einem weiteren Fall vor dem Europäischen Gerichtshofs für Menschenrechte (EGMR) zu einem geheimen CIA-Gefängnis verantworten. In einer Beschwerde hat ein inzwischen im illegalen USA-Gefangenlager Guantánamo auf Kuba internierter Bürger Saudi-Arabiens geltend gemacht, in einem Geheimgefängnis in dem baltischen EU- und NATO-Staat misshandelt worden zu sein.
Das EGMR hatte Litauen 2018 wegen Menschenrechtsverletzungen zu einer Geldstrafe an einen staatenlosen Palästinenser verurteilt. Nach Auffassung der Richter hatte Litauen die Folter des Gefangenen ermöglicht, indem es dem USA-Geheimdienst CIA erlaubte, auf seinem Staatsgebiet ein geheimes Gefängnis zu betreiben. Litauen dagegen bestreitet bis heute, dass es ein CIA-Gefängnis beherbergte.