Mit und nach dem Sieg der Franco-Faschisten im März 1939 befand sich eine Million Spanier zur Hälfte in den Konzentrationslagern oder in der Emigration. Zentrum der Emigration wurde Frankreich. Die kleinbürgerlichen und sozialdemokratischen Republikaner resignierten. Im März 1939 löste sich die Exil-Volksfrontregierung in Paris auf. Das Schicksal der Emigranten verlief unterschiedlich. Viele gingen nach Mexiko, Kuba, Lateinamerika und in die UdSSR.
Die französische Regierung behandelte sie unwürdig. Als die Nazis nach Frankreich kamen, fielen viele von ihnen in ihre Hände. In deutschen KZ starben tausende, allein in Mauthausen über 5 000. Massen von Spaniern strömten über die französische Fremdenlegion zu de Gaulles „Freien Franzosen“. Sie zeichneten sich besonders in der 2. Panzerdivision von General Leclerc aus, wo ihre Panzer nach Kampfstätten des spanischen Bürgerkrieges benannt worden waren. Sie waren die ersten regulären Soldaten der französischen Armee, die den Pariser Aufständischen 1944 zu Hilfe kamen. In der UdSSR kämpften 14 000 in den Reihen der Roten Armee. Der Sohn der Führerin der Kommunistischen Partei Spaniens, Dolores Ibarruri, fiel als Held der Sowjetunion bei Stalingrad.
Vor allem die KPS begann nach dem Sieg der Franquisten im März 1939 den Widerstand zu organisieren. Schon 1942 versuchte sie, in Frankreich eine Nationale Union als breite Plattform ins Leben zu rufen, doch dazu waren die anderen Republikaner nicht bereit. Erst im September 1944 wurde in Mexiko wieder eine Exilregierung ins Leben gerufen, die bis 1977 existierte. Zu gleicher Zeit schufen Sozialdemokraten und liberale Republikaner den Bund Demokratischer Kräfte. Dem und der Exilregierung traten die Kommunisten 1946 bei.
Im Zuge der Befreiung Frankreichs ergriffen die Kommunisten wieder die Initiative. In Südfrankreich hatten tausende Spanier in den französischen kommunistischen Partisanenabteilungen gekämpft. Sie vereinigten sich im Mai 1944 in der Spanischen Partisanengruppierung mit ihrem Hauptquartier in Toulouse. In diesen Gebieten wurden die franco-spanischen Vertretungen und Banken gewaltsam in Besitz genommen und die Fahne der Republik gehisst. Nun bereitete sie sich auf den Kampf in Spanien vor.
Schon seit 1937 gab es in den faschistischen Gebieten etwa 3 000 republikanische Flüchtlinge, die sich in den Bergen verschanzt hatten, aber kaum militärisch agierten. Bis 1941 wurden diese Gruppen zerschlagen.
Daran wollten nun kampferfahrene kommunistische Partisanen anknüpfen, die mit einer Zerschlagung Franco-Spaniens durch die Alliierten rechneten. Mit zwei Angriffen im Herbst 1944 gelang es ihnen, über die Grenze in Asturien, Katalonien, Galizien und Estremadura gewaltsam zu durchbrechen oder einzusickern. Im September griffen 4 000 kommunistische Partisanen die Stadt Lerida an und wollten einen Brückenkopf für eine neue Volksfrontregierung schaffen sowie einen Aufstand im Lande hervorrufen. Im Oktober belagerte ein starke Partisanenverband die Stadt Viella. Es gelang der Spanischen Partisanengruppierung, einige Quadratkilometer Land zu befreien, mit den Faschisten und ihren Helfern abzurechnen sowie einige hundert Gefangene zu machen. Doch das Hauptziel, einen Aufstand hervorzurufen, gelang nicht. Franco schickte wieder seine marokkanischen Elitetruppen. Die Partisanen erlitten eine Niederlage: 200 fielen und 800 kamen in Gefangenschaft. Der größte Teil der Partisanen dieses Verbandes führte einen geordneten Rückzug nach Frankreich durch. Ein Teil, etwa 200, schlugen sich weiter nach Süden durch. Unter Führung des Kommunisten Jesús Monzón wurde kurzzeitig in Madrid eine Stadtguerilla geschaffen, die ein faschistisches Hauptquartier angriff.
Die Bedingungen für den Partisanenkampf waren ungünstig. Franco hatte seit 1939 eine Friedhofsruhe geschaffen und ein System von Denunzianten („Sechste Kolonne“) hielt die Sympathisanten der Linken in Angst und Schrecken. Zudem waren nahezu alle bekannten Anhänger der Republikaner vorher getötet oder in Lagern und Gefängnissen. Da sich die Armut seit dem faschistischen Machtantritt verschärft hatte, gab es kaum Lebensmittel. Teilweise mussten diese von den Partisanen gewaltsam requiriert werden.
Zudem gab es noch Uneinigkeit zwischen Kommunisten, Sozialdemokraten und Anarchisten. Das ließ die republikanische Partisanenfront zerfallen. 1947 wurden die Kommunisten zudem noch aus der Exilregierung ausgeschlossen.
Gleichfalls 1947 kam es noch einmal zu einem Höhepunkt der Partisanenkämpfe, dann nahmen sie rasant ab. Die letzten Abteilungen hielten sich bis 1952. Weiterhin gab es bewaffnete Kämpfe bis in die 60er Jahre, die vor allem von den Anarchisten geführt wurden.
Das Wichtigste hingegen war die fehlende politische Unterstützung durch die Alliierten. Trotz öffentlicher Verurteilung und auch außenpolitischer Isolierung Franco-Spaniens verhinderten vor allem die USA einen Einmarsch in Spanien. Der aufkommende Kalte Krieg rettete so den spanischen Faschismus.
Die allgemein verbreiteten Hoffnung auf einen baldigen Sturz des Faschismus erfüllten sich nicht. Die KPS musste ihre Strategie ändern und sich auf einen langen Kampf einstellen. Der Partisanenkampf wurde abgebrochen, die illegalen Gewerkschaften aufgelöst und nun versucht, in die legalen gleichgeschalteten Strukturen einzudringen. Die KPS wurde die einzige Partei, die in den nächsten Jahrzehnten aktiven Widerstand leistete.
Zahlen liegen nicht vor, doch man kann davon ausgehen, dass die spanischen Kommunisten von allen westeuropäischen Staaten die meisten Opfer im Kampf gegen den Faschismus gebracht hatten. Diese Verluste führten auch dazu, dass die KPS im Gegensatz zu Portugal nach ihrer Legalisierung 1977 keine führende Rolle im Prozess der bürgerlich-demokratischen Umgestaltung spielen konnten. Dennoch trat sie als drittstärkste politische Gruppierung in eine neue Kampfetappe ein.